水果在放入保鮮冷庫前冷庫需要經過消毒處理。保鮮冷庫消毒使用的消毒劑通常是硫磺，用量一般情況下是一公斤硫磺用于100立方保鮮冷庫的消毒。消毒之后用鋸末點燃封閉兩天時間，每次入庫的量不宜過大，每天進貨量有10%左右就可以。
水果在進入保鮮冷庫前都要經過嚴格的篩選，需要發生腐爛或者是已經存在傷口的水果篩選出來，以免發生大面積腐爛變質。水果傷口無論大小都會對水果質量造成影響，所以禁止有傷口的水果入庫。把經過篩選的水果經過預冷運進保鮮冷庫：水果在陰涼、干燥環境中放置一夜，天亮前搬至庫內。
如果要長時間進行儲存使用保鮮袋分批盛裝輕輕地放到保鮮冷庫內，嚴謹大量的堆垛，動作要輕，避免在搬運的過程中碰撞。水果出庫時跟入庫一樣，水保在出保鮮冷庫也要逐步適應，直接出庫會導致水果便面水珠凝結，或導致水果顏色發暗，或導致口感變差，或導致腐爛。
水果在保鮮冷庫的保存注意事項：升溫溫度以每次高出果溫2℃～4℃為宜，相對濕度75％～80％。當保鮮冷庫的溫度與外界溫度相差4℃～5℃時即可出庫。冷庫安裝過程中制冷設備也要進行水平固定，并且保證不會發生晃動。
冷庫制冷設備要在相互不影響的情況下盡量靠近，因為制冷設備距離太遠的話，就會浪費相互連接的管道，對對制冷劑的流動不利。同時冷庫制冷設備的安裝位置，也要考慮到制冷劑、冷卻水記憶排水等多種因素的影響以及管理人員有規律的檢查維修是否方便。
